O Conselho de Pesquisa (CoPq), assim como os demais órgãos deliberativos da UFSCar, foi implantado a partir da entrada em vigor do novo estatuto da Instituição. A reunião de instalação ocorreu no dia 1º de setembro de 2008. Sua criação é fruto das diretrizes para uma nova estrutura organizacional da Universidade definidas no Plano de Desenvolvimento Institucional (PDI).
O Conselho de Pesquisa (CoPq), órgão superior deliberativo da Universidade sobre programas, projetos e atividades de pesquisa, subordinado às diretrizes do Conselho Universitário, tem a responsabilidade de deliberar sobre a gestão das atividades de política de pesquisa institucional realizadas na UFSCar. Pode apresentar ainda atribuições específicas sobre política e gestão de pesquisa na UFSCar, que lhe forem conferidas por instância superior da Universidade. Este conselho é integrado pelos seguintes membros:
Pró-Reitor de Pesquisa, como seu presidente;
um representante de cada Conselho de Centro;
um representante de cada departamento;
representantes do corpo discente de pós-graduação, eleitos por seus pares;
representantes do corpo discente de graduação, eleitos por seus pares;
representantes do corpo técnico-administrativo, eleitos por seus pares.
